污染源综合管理系统以排污申报为基础，覆盖环境统计、排污收费、排污许可证等多项业务，系统实现了排污申报数据的登记、校验、审核、查询、统计和分析评价，并利用排污申报数据作为环境统计、排污收费的基础，提供从排污申报数据到环境统计、排污收费的数据转换接口，有效保证了各个业务系统数据的一致性。
系统主要包括排污申报数据登记，排污申报数据校验，排污申报数据的查询、统计、分析和评价，环境统计数据导出，排污收费数据的导出和导入，许可证发放和管理，电磁辐射和放射性申报信息管理，风险源信息管理。
申报登记：内容包括单位基本情况，用水、能源消耗和产品情况，建设项目和污染治理项目情况，废水及废水污染无排放情况，废气及废气污染物排放情况，噪声情况，固体废物产生及排放情况。企业可以通过报表或者网上申报的方式提交数据。
数据校验审核：利用定义好的数据逻辑以及完整性规则对企业填报的数据的完整性、一致性和合理性进行校验。
数据统计分析：对企业的排污申报数据进行汇总评价，分析污染当量和污染负荷，为下发企业排污许可证提供参考。
环境统计数据导出：利用排污申报登记的数据导出形成国家环境统计所要求的数据结构和数据内容。
排污收费数据导出和导入：利用排污申报登记的数据导出形成排污收费所要求的数据结构和数据内容，同时可以利用实际排污收费的数据内容更新排污申报的数据。
许可证管理：利用企业排污申报的数据作为许可证发放的基础，形成许可证的数据内容，完成许可证数据的修正并保存后，排污许可证可以打印输出，并可以对许可证的数据进行查询统计。
电磁辐射和放射性源管理：登记企业申报的电磁辐射和放射源情况，对电磁辐射和放射源的申报结果进行查询统计。
风险源管理：登记风险源排查的调查结果数据，对风险源的调查结果进行查询统计
